شیر الاغ متفاوت از شیر سایر حیوانات نشخوارکننده ست، زیرا حاوی میزان چربی کمتر و مواد معدنی و لاکتوز بالا می‌باشد. پروتئین‌های آنتی میکروبی مهم موجود در شیر شامل ایمونوگلوبولین‌ها، لاکتوفرین و لاکتوپروکسیداز و لیزوزیم هستند. شیر الاغ دارای فعالیت آنتی میکروبی بسیار بالایی علیه باکتری‌هایی چون لیستریا مونوسیتوژنز و استافیلوکوکوس ارئوس بوده و در درمان لیستریوز و استافیلوکوکوز موثر می‌باشد. لیزوزیم که ماده‌ی غالب شیر الاغ است، در غیر فعالسازی برخی ویروس‌های خاص موثر بوده و دارای فعالیت آنتی میکروبی، مهار آنژیو ژنی و ضد توموری می‌باشد. پروتئین وِی موجود در شیر الاغ دارای فعالیت ضد تکثیری قوی بوده و پتانسیل درمان سرطان ریه را داراست. این پروتئین، یعنی α- لاکتالبومین، دارای خواص ضد ویروسی، ضد توموری و ضد استرس است. همچنین شیر الاغ دارای مقدار کمی کازئین با مقادیر نزدیک به شیر انسان بوده و در مقایسه با شیر گاو حاوی بتا – لاکتوگلوبین کمتری است. شیر الاغ دارای مقادیر بالایی لاکتوز بوده و این امر در دلپذیری مزه این شیر موثر و مانع از بروز آلرژی در نوزادان شده و اغلب به عنوان گزینه‌ای برای تغذیه‌ی نوزادانی انتخاب می‌شود که نسبت به پروتئین موجود در شیر گاو آلرژی داشته (CMPA) و با عدم تولرانس لاکتوزی مواجه می‌باشند. شیر الاغ دارای تاثیرات متعددی بر فرایند استئوژنز، توانبخشی در درمان آرتریاسکلروز برای بیمار مبتلا به بیماری کرونری قلبی، پیری زودرس و رژیم‌های غذایی هیپوکلسترولمی است. شیر الاغ در تولید نوشیدنی‌های تخمیر شده کاربرد دارد، زیرا دارای سویه‌های پروبیوتیک لاکتوباسیلی می‌باشد. شیر الاغ با مقدار مناسبی از ویتامین‌ها، مواد معدنی و اسیدهای چرب پلی اشباع نشده (PUFA) غنی‌سازی شده و از این طریق در مراقبت‌های پوستی نیز مفید می‌باشد.